在第五季的结尾，杰克（基弗·萨瑟兰 Kiefer Sutherland 饰）意外的被中国秘密逮捕，在长达20个月的关押期。杰克忍受着非人的严刑拷问却没有说一句话。而此时的美国，却遭受到恐怖分子炸弹袭击的威胁，而且证据显示可能是伊斯兰教派武装组织所为。CTU方面调查发现，这一系列恐怖袭击的背后主使是一个名叫阿萨德的伊斯兰恐怖分子。而为了能顺利实施针对阿萨德的刺杀计划，美国和中方交涉，换回了被关押的杰克•鲍尔。打算利用杰克作为诱饵，引出阿萨德。可是，在引诱阿萨德出现的一系列活动中，杰克却发现这次恐怖袭击的幕后主使另有其人。为了化解即将到来的恐怖袭击，杰克再次挺身而出，只身与恐怖分子展开了较量。